Όταν η βλάβη έχει προχωρήσει σε βαθύτερα στρώματα του δοντιού και τα μικρόβια (βακτήρια) έχουν προσβάλλει τα αγγεία και τα νεύρα του πολφού τότε ο οδοντίατρος πρέπει να προχωρήσει σε ενδοδοντική θεραπεία (απονεύρωση) του δοντιού.
Κατά την ενδοδοντική θεραπεία (απονεύρωση), ο οδοντίατρος κάνει την διάνοιξη της πολφικής κοινότητας, διεύρυνση και πολύ καλό καθαρισμό των ριζικών σωλήνων με ειδικά μικροεργαλία και υγρά διακλυσμών και στο τέλος κλείνει τους ρυζικούς σωλήνες με γουταπέρκα.
Η διαδικασία της ενδοδοντικής θεραπείας (απονεύρωσης) συνήθως ολοκληρώνεται σε 1-2 ραντεβού (συνεδρίες) εκτός κάποιων περιπτώσεων που χρειάζονται περισσότερες επισκέψεις.
Πολλές φορές τα ενδοδοντικά θεραπευόμενα δόντια χρειάζεται να καλυφθούν από στεφάνες για να μην σπάσουν.